Bahía Culebra se sitúa en el Golfo de Papagayo, Guanacaste, en el Pacífico Norte de Costa Rica. Cubre un área de unos 20 km², y alcanza una profundidad máxima de 42 m. La bahía es una de las tres regiones del Pacífico Tropical Oriental influenciadas por un afloramiento costero estacional, entre los meses de diciembre y abril, cuando la temperatura del agua puede llegar a disminuir entre 5-10 °C por debajo del promedio anual (28 °C). Estos meses coinciden con un período de bajas precipitaciones, seguido por dos períodos de máxima precipitación (desde mayo hasta noviembre).

Históricamente, Bahía Culebra poseyó uno de los mejores desarrollos arrecifales de Costa Rica. Sus extensos arrecifes coralinos estaban dominados por los géneros de coral Pocillopora y Pavona, con colonias aisladas de Porites lobata y hasta 16 especies de corales, algunas consideradas como raras. La cobertura promedio de coral vivo en toda la bahía llegaba hasta un 44%, y llegaba a superar el 90% en algunos puntos. Sin embargo, en las últimas dos décadas, estos arrecifes han sufrido una continua degradación, con un descenso de la cobertura promedio de coral vivo hasta tan solo un 4% en los mismos arrecifes.